Kościół św. Mikołaja w Hamburgu (niem. Hauptkirche St. Nikolai in Hamburg) był jednym z pięciu głównych kościołów, które do II wojny światowej znajdowały się na Starym Mieście w Hamburgu. Jego historia sięga średniowiecza, kiedy to w sercu Hamburga zbudowano pierwszą kaplicę. Patronem kaplicy został św. Mikołaj, opiekun żeglarzy, co było naturalne dla Hamburga - miasta portowego, pomimo braku bezpośredniego dostępu do morza, będącego ważnym ośrodkiem Hanzy.
Początki i rozwój średniowiecznej świątyni
Wraz z powstaniem osadnictwa w rejonie dzisiejszego kościoła św. Mikołaja i założeniem portu nad rzeką Alster w XII wieku erygowana została kaplica na szczycie dzisiejszego Hopfenmarkt. Pierwsze wzmianki o pierwotnej kaplicy datowane są na koniec XII wieku, ufundowano ją w 1195 roku. W 1353 roku, krótko po ataku Czarnej Śmierci, rozpoczęto wznoszenie nowej, murowanej świątyni. Był to trójnawowy kościół halowy, utrzymany w stylu północnoniemieckiego gotyku ceglanego. Ta solidniejsza budowla przetrwała aż do połowy XIX wieku, choć przeszła w tym czasie wiele przeobrażeń.
Kościół św. Mikołaja w dobie Reformacji
Jako centralny punkt czterech hamburskich wspólnot parafialnych, kościół św. Mikołaja był wmieszany w ożywione dysputy teologiczne tamtych czasów, które rozprzestrzeniały się w mieście - był to wszak czas rodzącej się Reformacji. Po ustąpieniu w 1524 roku dotychczasowego proboszcza, Henninga Kissenbrügge, mieszczanie wybrali na nowego proboszcza, wbrew stanowisku Rady miasta, znanego kaznodzieję Johannesa Bugenhagena, zwolennika reform i zaufanego Marcina Lutra. Było to wydarzenie bez precedensu w dotychczasowych dziejach miasta. Konserwatywna Rada Miasta próbowała nakłonić dotychczasowego proboszcza do pozostania, a gdy to się nie powiodło, wybrała na to stanowisko Johanna Zegenhagena z Magdeburga. Ostatecznie spór zakończył się kompromisem - w 1528 roku w mieście pojawił się ostatecznie Bugenhagen i został kaznodzieją w kościele św. Mikołaja, a Reformacja zwyciężyła pokojowo. Główną zasługą Bugenhagena było to, iż dał miastu ustrój kościelny, który regulował sprawy organizacyjne i finansowe kościoła, a także inne dziedziny życia społecznego, takie jak obowiązek szkolny.
Barokowa wieża i pożar w 1589 roku
W swojej długiej historii budowla musiała sprostać wielu gwałtownym pożarom, których los nie szczędził jej na przestrzeni wieków. Po wielu przebudowach, dopiero w 1517 roku wzniesiono przy kościele wysoką na 153 metry wieżę w stylu barokowym.
Ta imponująca konstrukcja została niestety zniszczona przez ogień. W 1589 roku spłonęła wieża kościoła, by po odbudowaniu, około pięćdziesiąt lat później, runąć ponownie w wyniku gwałtownej burzy w 1644 roku. W tej formie, z wieżą odbudowaną po burzy, budowla przetrwała do 1842 roku, kiedy to cały Hamburg ogarnął wielki pożar.