22 maja 2006 roku, między godziną drugą i trzecią po południu, wybuchł pożar w kościele św. Katarzyny w Gdańsku. Ogień, zauważony na głównym dachu przylegającym do wieży, szybko objął drewnianą więźbę, która spłonęła w krótkim czasie. W wyniku pożaru dach zawalił się, odsłaniając potężną, metalową konstrukcję zbudowaną przed laty dla jego wzmocnienia. Na szczęście, zawalony dach oparł się na stropie kościoła, dzięki czemu wnętrze świątyni nie spłonęło. Niemal natychmiast ogień przerzucił się również na trzy mniejsze dachy od strony kościoła św. Brygidy. Duży, kilkuczęściowy dach kościoła został całkowicie strawiony przez żywioł.

Akcja gaśnicza i skala zniszczeń
Jednostki straży pożarnej pojawiły się pod kościołem jeszcze przed godziną trzecią. W akcji gaśniczej wzięło udział aż 28 zastępów straży pożarnej, co stanowiło około 100 strażaków z Gdańska oraz zastępów z innych powiatów i OSP. Działaniami kierował pomorski komendant wojewódzki. W początkowych chwilach licznie zgromadzeni gdańszczanie mogli obserwować bezsilność wobec żywiołu; strugi wody właściwie tylko chłodziły dolne partie murów, a strumienie wody z jednego czy dwóch podnośników w żaden sposób nie równoważyły siły ognia. Sytuacja uległa zmianie, kiedy przybyły kolejne jednostki straży pożarnej z sięgającymi wyżej podnośnikami, a także 54-metrowy wysięgnik hydrauliczny z zakładowej straży firmy Lotos.
Pożar został ugaszony, a rzecznik Komendy Wojewódzkiej Państwowej Straży Pożarnej w Gdańsku, st. bryg. Marian Hinca, poinformował, że trwała rozbiórka tej części dachu, która uległa spaleniu. Spaliło się około 200 metrów poddasza, w tym część konstrukcji dachowej. Ogień nie rozprzestrzeniał się dalej i nie było zagrożenia. Metropolita gdański abp Sławoj Leszek Głódź zaznaczył, że wewnątrz świątyni ogień nie wyrządził żadnych szkód, choć w prezbiterium, na posadzce i w zakrystii było trochę wody. Spaleniu uległ dach nad zakrystią z jednej strony na powierzchni 200 metrów, podczas gdy całość kościoła ma ćwierć hektara. Abp Głódź podkreślił, że "sprzęt i ta ich dzielność sprawiła, że opanowali pożar bardzo szybko."
Pożar pustostanu w Pile. Alarmowo pluton, dojazdy, dowożenie wody. Akcja gaśnicza
Ratowanie zabytków
W obliczu zagrożenia strażacy i policjanci podjęli heroiczną akcję ratunkową, wynosząc z zalanej wodą świątyni większość zabytkowych przedmiotów. W związku z tym, że użyta do gaszenia woda kapała z części dachowej do wnętrza kościoła, strażacy zabezpieczyli folią niektóre zabytkowe elementy wyposażenia. Większość obserwujących pożar mogła być przekonana, że spalone dachy wpadają do wnętrza świątyni, czyniąc spustoszenie wśród cennych dzieł sztuki. Na szczęście okazało się, że pogorzelisko zatrzymało się na sklepieniach, które po wojnie były uzupełniane betonowymi kołnierzami, by wzmocnić całą budowlę. Uratowano wieżę kościoła, carillon oraz większość zabytkowych przedmiotów.
Ponad stu strażaków najdłużej walczyło o uratowanie wieży, w której mieści się Muzeum Zegarów Wieżowych, a nad nim zespół dzwonów tworzących carillon. Instrument został ocalony, choć jego klawiatura uległa zalaniu. Gaszenie drewnianego poszycia hełmu trwało do wieczora. Metropolita gdański abp Sławoj Leszek Głódź z uznaniem wyraził się o pracy służb: "Dziękuję dzielnym i odważnym strażakom. To oni uratowali kościół." Dodał również: "Łaska Boża i Opatrzność czuwały przy tej tragedii".
Cenne dzieła sztuki, które wyniesiono ze świątyni, ostatecznie zostały zmagazynowane w Muzeum Narodowym i kościele św. Trójcy. Okazało się, że wprawdzie nie ucierpiały od pożaru, ale ich stan zachowania nie był dobry i wymagały konserwacji. Nikt nie zginął w pożarze, ale wielkość strat historyczno-kulturowych pozwalała mówić o katastrofie.

Przyczyna pożaru i odbudowa
Pożar pozostawił po sobie obraz zniszczenia - na ulicach leżały potrzaskane, osmolone dachówki i kawałki zwęglonych belek. Teren pozostał zagrodzony, a wozy strażackie stały w pogotowiu. Początkowo przyczyny wybuchu pożaru były nieznane, a śledztwo w tej sprawie przejęła Prokuratura Okręgowa. Jedną z badanych okoliczności były prace dekarskie, które tego dnia były prowadzone na dachu, i związana z tym możliwość zaprószenia ognia. Według nieoficjalnych informacji, przyczyną pożaru było zwarcie w instalacji, która znajdowała się w wyremontowanym niedawno dachu. Udział osób trzecich w podpaleniu był raczej wykluczony, ponieważ kościół był zamknięty i zabezpieczony alarmami.
Zgodnie z prawomocnym wyrokiem Sądu Okręgowego w Gdańsku, który zapadł w maju 2010 roku, ustaloną przyczyną pożaru było zwarcie instalacji elektrycznej. Zostało ono spowodowane przez niesprawne narzędzia pozostawione przez jednego z dekarzy, remontujących dach świątyni.
Niemal natychmiast po pożarze, z inicjatywy prezydenta Pawła Adamowicza, zawiązany został Społeczny Komitet Odbudowy Kościoła św. Katarzyny. Władze państwowe, miejskie i kościelne poinformowały, że niezależnie od zakresu zniszczeń kościół zostanie odbudowany. Deklaracje pomocy w odbudowie świątyni złożyli między innymi minister kultury, miasto Gdańsk i zarząd województwa, a na konto komitetu zaczęły wpływać pieniądze od firm i osób prywatnych. Po kilku tygodniach przygotowano ekspertyzę stanu konstrukcji kościoła, dzięki której można było wybrać najbardziej bezpieczną metodę odgruzowania świątyni i jej zabezpieczenia do czasu odbudowy. Najbardziej zagrożona była ściana szczytowa od strony parkingu przy kościele św. Brygidy. Abp Głódź zapewnił, że w ciągu miesiąca w części głównej katedry będzie można celebrować msze św.
