Historia parafii w Stubnie, bogata w wydarzenia, odnotowała kilka tragicznych pożarów, które niszczyły świątynie. Na podstawie informacji zaczerpniętych z kroniki parafialnej, spisanej przez Juliana Dobrowolskiego (lata 1975-1987) oraz księdza Prałata Jerzego Lica (lata 1987-2003), można wnioskować, że pierwszy kościół w Stubnie został zbudowany w roku 1682 na miejscu poprzedniego oraz obecnego kościoła.
Był to obiekt drewniany, pokryty słomą, który w roku 1832 spłonął, podobnie jak jego następca. Świątynia ta nosiła wezwanie Narodzenia Najświętszej Maryi Panny. Zasłyszane od sędziwych mieszkańców Stubna wieści głoszą, że kościół ten znajdował się na miejscu obecnego starego cmentarza, natomiast ludzie chowani byli na terenie aktualnego kościoła. Może to być prawdą, gdyż podczas kopania fundamentów pod murowany kościół natrafiono w tym miejscu na wiele kości ludzkich.
Naprawdę wiele niejasności kryje się w historii parafii. Według wspomnianych wieści, oba spalone kościoły nie były jedynymi w Stubnie. Prawdopodobnie jeszcze wcześniej, naprzeciwko sadu parafialnego, w miejscu, gdzie obecnie stoją prywatne domostwa, znajdował się prawdziwie pierwszy kościół. Nie ma to jednak potwierdzenia w żadnych dostępnych dokumentach.
Wracając do kościoła, który wielu parafian nadal ma w pamięci, warto wspomnieć, że kolatorem tego obiektu był miejscowy dziedzic - Myszkowski. Ufundował on również w tym czasie cerkiew w Stubienku i Baryczu. Kronikarz ujął to słowami: „niepisana wieść niesie, że syn dziedzica zginął w Powstaniu Styczniowym, a razem z nim pięciu jego poddanych.” W związku z tym faktem dziedzic zbudował wspomniane wcześniej 3 budynki sakralne. „Zaś w miejscowym lesie postawił dębowy krzyż z wbitymi weń pięcioma mosiężnymi gwoźdźmi.” Świątynia w Stubnie otrzymała nowe wezwanie Matki Bożej z Góry Karmel i tak też zostało do dnia dzisiejszego.
Tragiczny pożar w 1987 roku
W święto św. Józefa, 19 marca 1987 roku, w parafii doszło do wielkiej tragedii. W późnych godzinach wieczornych zapalił się zabytkowy kościół w Stubnie. Wykluczono możliwość podpalenia, a najbardziej prawdopodobną przyczyną pożaru było zwarcie w instalacji elektrycznej. Była to koszmarna noc dla całej społeczności.
Akcja ratunkowa i zaangażowanie społeczności
W gaszeniu płonącej świątyni wzięło udział 14 sekcji zawodowych i ochotniczych straży pożarnych oraz liczni parafianie, którzy pośpieszyli na ratunek. Z narażeniem życia wynosili z kościoła ruchomy inwentarz. Udało się uratować tabernakulum z Najświętszym Sakramentem, ołtarz ofiarny, ambonę, ławki, krzesła i konfesjonały oraz jeden kielich. Wynoszono nawet płonące szaty liturgiczne, które jednak nie nadawały się już do użytku. Ocalał nadpalony obraz Serca Jezusowego i krzyż z głównego ołtarza, który wrócił po latach na swoje miejsce i podziwiać go możemy w obecnym kościele od grudnia 1991 roku. Natomiast w roku 2011 zawisł w świątyni uratowany i odrestaurowany żyrandol - pająk.
Skutki pożaru i tymczasowe rozwiązania
Po ugaszeniu pożaru okazało się, że zgliszcza nadają się jedynie do rozbiórki, a z zabytkowego obiektu ocalała tylko dzwonnica. Początkowo Msze Święte odprawiano pod prowizorycznym zadaszeniem, do czasu, kiedy przygotowano tymczasową kaplicę w budynku gospodarczym sąsiadującym z salką katechetyczną. Pierwsza msza w „nowym kościele” odprawiona została w Niedzielę Palmową 12 kwietnia 1987 roku.
Odbudowa świątyni
Podczas swojej trzeciej pielgrzymki do Polski, Ojciec Święty Jan Paweł II w dniu 15 czerwca 1987 roku w Tarnowie poświęcił kamień węgielny pod budowę kościoła w Stubnie oraz kilku innych. 10 maja 1988 roku rozpoczęto prace przy budowie nowego kościoła. Parafianie, wyczytywani imiennie w każdą niedzielę, bez problemów zgłaszali się do pracy od godziny 7 rano do 19, by w czynie społecznym wspomóc budowę.
W prace zaangażowani byli jednak nie tylko parafianie, ale i zupełnie obcy ludzie. Między innymi, początkiem lipca 1990 roku gościliśmy grupę 10 skautów belgijskich, którzy przybyli z pomocą. W końcu, po ponad dwóch latach ciężkiej pracy, doszło do poświęcenia nowego kościoła przez księdza Biskupa Ordynariusza Ignacego Tokarczuka w dniu 23 grudnia 1990 roku. Uroczystość ta została poprzedzona trzydniowymi rekolekcjami.
Rozwój parafii po odbudowie
W związku z przebudową starej szkoły w Baryczu na kolejny kościół filialny, która to rozpoczęła się wiosną 1996 roku, doszło do istnego przełomu w parafii. Ksiądz Arcybiskup przydzielił do pomocy Proboszczowi wikariusza. I tak oto 27 sierpnia pojawił się neoprezbiter ksiądz Jan Bober. Dzięki wikariuszowi zawiązała się we wspólnocie nowa grupa działająca przy kościele - Katolickie Stowarzyszenie Młodzieży (KSM). Dotychczas parafianie skupieni byli w Komitecie Budowy Kościoła, Żywym Różańcu, Zespole Synodalnym, Akcji Katolickiej, Oazie oraz Służbie Liturgicznej.
Już po roku, 21 września 1997 roku w Baryczu została odprawiona pierwsza Msza Święta przez księdza Prałata Jerzego Lica. Poświęcenia w dniu 25 kwietnia 1998 roku dokonał ksiądz Arcybiskup Metropolita Przemyski Józef Michalik. Świątyni nadano tytuł Miłosierdzia Bożego. Według kroniki, w uroczystości uczestniczyło blisko 2000 osób.